1975年7月中旬，中央派胡耀邦、李昌和王光伟到中国科学院进行整顿。之后，10月又派王屏和刘华清参加整顿工作。邓小平认为，整顿首先是党的整顿，关键是领导班子，经过整顿要建立一个强有力的“敢”字当头的领导班子，搞好安定团结，发展社会主义经济和各部门的业务，要坚决同派性作斗争。当时国务院副总理华国锋分管科学院工作，在我们到科学院工作时，他传达了邓小平的指示，并提出了三点要求：一是去了解情况，向国务院汇报；二是搞一个科学院发展规划；三是准备向中央提出科学院党的核心小组名单。
当时是三科(科委、科学院和科协)合并，在中国科学院设立科技办公室管原属科委管理的部分日常工作，科协代主席周培源在科学院办公；科学院主办有迁往合肥的中国科技大学。当时科学院的政治情况是“灾情”严重。在科学院，“文化大革命”开始后，科学十四条和1962年广州会议精神被否定。
一、“四人帮”帮派分子认为科学院执行的是“反革命修正主义黑线”。
在十年动乱的荒唐日子里，中国科技界同样遭受了严重的破坏，大批科技精英被赶进“牛棚”或受种种摧残。拯救中国科技界成了刻不容缓的重任。整顿中国科学院是先走一步的重棋，对扭转整个科技界的局面起了不同凡响的作用。
“四人帮”说科学研究工作是“三脱离”，即脱离无产阶级政治、脱离生产实际、脱离工农兵群众；提出要“三面向”，即面向农村、面向工厂、面向中小学。要批判“自然科学理论战线的反动观点”，他们把爱因斯坦视为“最大的资产阶级反动学术权威”，因此批判“相对论”。
二、“四人帮”把知识分子划入资产阶级范畴。科学院北京地区170位高级研究人员中，有130位列为资产阶级反动学术权威，被打倒或作为审查对象。
三、科学院各级领导干部大多数被打成“走资本主义道路当权派”。领导干部和科学家被迫害致死有好几十名。
四、“四人帮”帮派分子夺权，科学院遭受严重破坏。1965年科学院拥有106个研究所，24714名科技人员，基本形成学科门类比较齐全的综合研究中心。1967年“四人帮”帮派分子夺取了科学院领导权成立革命委员会。1968年工人、解放军毛泽东思想宣传队进驻科学院，但造反派始终在领导层中占据重要位置。在此期间科研机构出现了大的变动。一部分研究所划归国防科委，一部分下放地方，一部分科研机构被撤销，到1973年，除43个双重领导的研究所外，直属中国科学院的研究基地、实验设备、资料、标本等相当大的部分散失损毁了。真是遭了一场大劫。
7月18日，胡耀邦和我们到科学院之后，与科学院“四人帮”帮派分子和极左思想进行短兵相接的斗争，进行调查研究，起草了向中央、国务院的《汇报提纲》，提出科学院党的核心小组组成的建议。10月，党中央正式任命郭沫若院长继续担任中国科学院核心小组组长，胡耀邦担任第一副组长，李昌、王光伟担任副组长，刘华清、王屏、胡克实等任核心组成员，稍后又增加了武衡、王建中、秦力生、郁文。王屏任政治部主任，曹冠群任副主任。废除了造反派组织头头列席核心组织的做法。贯彻执行邓小平整顿指示的领导班子建立起来了。
胡耀邦宣布要整顿各级领导班子和思想作风，科学院要以科学研究为中心。胡耀邦和几位到科学院的领导干部，根据邓小平整顿科学院的指示精神，深入各所召开座谈会，针对实际，发动反“左”的错误和反派性活动。胡耀邦在1975年8月15日召开的有邓述慧、贾国玉、卢盛奎、林文成、王声孚、陈本明、常龙存等参加的座谈会上，宣布整顿工作主要是全院各级领导班子的组织整顿和思想作风的整顿，而思想作风方面的整顿时间可能更长，任务更艰巨。思想作风的整顿包括：(一)划清正确与错误的科技路线的认识；(二)划清正确与错误的知识分子政策的认识；(三)划清正确与错误的干部政策的认识；(四)科技战线政治工作的原则，政治工作要为科研的中心服务。党性和党风整顿，包括：(一)分清党性和派性，如何克服资产阶级派性；(二)什么是我们党的优良传统，应怎样发扬我们党的优良传统；(三)什么是党的组织面临的党的纪律，我们哪些地方违背党的纪律；(四)各级领导班子的作用，是否应该是党性好、作风好、团结好、敢字当头。他提出了一系列原则问题，启发大家思考，分清大是大非。在当时的历史条件下，不好直接否定“文化大革命”的错误，只能从正面或迂回地引导明确在科技战线上执行正确路线和加强党的领导的大方向。
首先，以耀邦为首的科学院的领导集体以毛泽东的一些理论论断如“科学实验是建设社会主义强大国家的三项伟大运动之一”等作根据，阐明科学技术的特点和重要性，纠正各种荒谬观点。我们还强调指出不能把科学实验等同生产斗争，而取消了科学实验。科技是人们通过观察、实验，认识自然发展规律和应用这些规律改造自然，为人类生存、发展服务。科学实验，就是联系实际。不能在“开门办所”的口号下，强迫科学研究人员都到工厂农村去，压制、扼杀科技人员开展业务和探索自然科学理论。当然，科学实验运动包括专业队伍和工农兵群众两方面，但专业队伍是主力军，“研究所里研究员是中心”。
其次，自然科学既然是认识和改造自然，它就不属于上层建筑的社会政治形态，自然科学是认识自然、改造自然，属于生产力，它本身不包含阶级斗争，因此，在自然科学领域不能实行“全面专政”，不能把科技人员变成专政对象。
第三，否定“知识私有”、“白专道路”等提法，强调要重视人才，要奖励出成果。当时，有人说某某人是走白专道路，胡耀邦在8月19日的座谈会上说：“我不那么看。他科学上有成就，国际上把他的成就叫‘×氏定理’，政治上没有资产阶级派性，不争官、争权、争名、争利。当然，不是说他没有弱点。说他‘白’，他有可学习的地方。什么叫‘白’?我看，搞资产阶级派性的人才是白而不专。”我们为“文化大革命”中受审查者复查，落实政策，尽量使更多的知识分子发挥作用。在座谈会上胡耀邦还说：“拜托大家帮助一下，就你们所知，还有没有一些有成就的人，现在在农村，或是分配工作不当而不能发挥作用的？请你们开个名单，有一个就写一个，有两个就写两个……写好了寄到我这里来。”科学院在四个月的整顿中，落实政策的达800多人。
