但是，李密为人心胸狭窄，又颇具野心。他惟恐翟让再收回领导权，便派人暗中监视翟让。翟让的部下见翟让将军权拱手让人，也总想不通，特别是他哥哥翟弘对他说：“将军打了天下，做皇帝的应该是你。这下可好，拱手让人了，你不做让给我也行啊！”翟让听了只是一笑了之。可李密却知道了此事，暗中更加紧了对翟让的防范，还把翟让身边的人一一拉拢到自己这边来。翟让的亲信司马王儒信对此有所察觉，便对翟让说起此事，翟让非但不信，反而将王儒信斥责一顿。王儒信临走对翟让道：“将军不听我言，迟早必遭人暗算。”说罢转身而去。翟让颇不以为然。可是不幸被王儒信言中。不久，瓦岗军攻占汝南。左长史房彦藻系李密心腹，将战利品全搜起来，给李密送去。翟让看见开玩笑道：“你将宝货全送给魏公(指李密)了，也不留一点儿给我。你难道忘了吗？魏公还是我立的呢！”说者无心，听者有意。房彦藻当时不说什么，过后却立即将此事告知李密。李密闻言大惊，思来想去，认为翟让此话颇有深意，恐怕是要采取行动，收回军权。有心杀了翟让，又恐人心不服，以后无人再来投奔。部下房彦藻和左司马郑看出他的心思，便都劝他及早动手，否则被翟让先下手，悔之晚矣。李密这才下了决心。不久，瓦岗军与王世充交战取得胜利，李密以开庆功宴为由将翟让、翟弘、单雄信、徐世绩、王儒信等请入帅营。
李密见众将落座，便让手下卫士下去喝酒。翟让一见，便也让自己所带卫士下去喝酒。众人这才谈笑风生，互相敬酒取乐。酒过三巡，菜过五味，李密忽命人取出自己新买的一张弓，让翟让欣赏。翟让拿在手中，双膀一用力，将弓拉至圆满，刚想赞一声好弓，旁边李密手下蔡建德忽然手起一刀，将其砍死。众将愕然。刚要起身抄家伙，李密埋伏在帐外的杀手一拥而入，将众人围住。李密下令杀了翟弘和王儒信等翟让之亲信，但对单雄信和徐世绩等人予以保留。瓦岗军内部发生了这次流血事件后，表面上风平浪静，李密的统治似乎更牢固了，实际上，众将是从大局出发，一时不愿同他决裂，怕搞垮瓦岗军。但大家都心灰意冷，渐渐与李密离心离德，这极大地动摇了瓦岗军的基础。再说禁军统领宇文化及，自杀了杨广父子之后掌握朝中大权，他将皇室宗亲老弱妇孺，统统杀死，只留下一个肖皇后。然后又以肖皇后之名立杨浩为帝，自己任仆射。做完这些事后，他果然不食前言，带领文武百官及五万兵士奔赴长安。一行人走到滑台(今河南省滑县)，粮草殆尽，宇文化及愁眉不展。忽然得到消息，附近的黎阳有个粮仓，宇文化及大喜，又得闻黎阳被瓦岗军占领，当即率军前去攻打。
其实，附近的粮仓并不在黎阳，而是在仓城，由瓦岗大将徐世绩把守。宇文化及在黎阳扑了个空，率大军转赴洛阳。徐世绩得知宇文化及率大军来犯，考虑自己兵马不多，一方面主张全力保卫仓城，另一方面派人回瓦岗大寨，向李密求援。李密忙派秦琼(秦叔宝)、程咬金为先头部队，自己亲率两万人马赶来仓城救援。宇文化及所率领的皇帝禁军个个武艺高强，作战勇敢，又加上知道军中无粮便会挨饿，所以攻打仓城时，都像玩命一样，很快便攻上城头。瓦岗军也训练有素，毫无惧色，顽强抵抗，又将扑到城头的禁军打下去。如此你来我往，正打得不可开交，远处杀来一支人马，在宇文化及的大军背后开战。宇文化及回头一看，正是手执长槊的秦琼和手舞双斧的程咬金，慌忙上前迎战。他一人抵挡二员猛将，杀了几十个回合便渐渐不支，幸亏禁军人多，赶来相助，才未吃大亏。天色渐晚，双方各自撤兵休息。第二天，宇文化及又来攻城，不料，秦、程二将并未进城，又从身后杀来，宇文化及气得无奈，只得又与二人战在一起。李密大军此时已赶到澌水河边。眼看一场大战就要展开，但李密和宇文化及忽然均宣布鸣金收兵。众将正杀得兴起，但主帅有令，只好各自撤归本队。两人为何都不敢恋战呢？原来是同一个原因：均怕被夹击。李密怕宇文化及和洛阳城内隋军的攻击；宇文化及自是怕李密和仓城之中的徐世绩夹击。
洛阳城由越王杨侗和王世充留守。王世充听说杨广父子被杀，立即拥立越王杨侗为帝，改元皇秦，自己充任郑国公。王世充几次与李密领导的瓦岗军交战，胜少负多。此刻听闻李密与宇文氏在仓城交战，也是忧心忡忡，原来他和李密、宇文化及的心事一样：怕他二人联合起来攻打洛阳。王世充手底下有个叫盖宗的，见王世充愁眉不展，便给他出了一个主意：招降李密。于是，他们先稳住他，让他继续与宇文化及斗。而王世充则来个坐山观虎斗，等他们一方溃败，一方疲累之时，再伺机动手不迟。王世充一听是个好主意，立刻让皇帝杨侗写下招降书由盖宗带着去见李密。李密果然中计，认为这样解除了后顾之忧，马上同意招降，专心对付宇文化及。他知道宇文化及所率禁军骁勇善战，不可力敌，只能智取。便派手下一员心腹之将去宇文化及营中表示愿意讲和，送宇文化及4000车粮食，双方就此停战。宇文氏听说李密愿意赠送粮食，心想，瓦岗军果然厉害，我与之再战下去，恐怕也难以取胜，不如答应讲和。他又想马上就有粮食，以便让将士们吃一顿饱饭。将士们一听说让吃顿饱饭，都高兴坏了。他们军中粮食早已不多，尽管连日交战，却已好几天都未吃过一顿饱饭。这下听主帅一声令下，都甩开腮帮子将军中余粮一扫而光。可是，宇文化及等来等去，都过了交粮时间，也未见李密有一粒粮食送来。他这才知道上当，率军与李密进行决战。
竟山脚下，李密的瓦岗军与宇文化及的禁军从早上一直杀到晚上，难分胜负。李密骑在马上，从容指挥。突然，一支冷箭正中李密右胸，李密大叫一声，伏在马背上。禁军见状冲杀过来，要捉拿李密。大将秦琼挥舞一支长槊，像无数长蛇，击败扑向李密身边的禁军，将昏迷的李密抢到自己马上，杀出重围。这一仗果如盖宗所料，李密与宇文化及两败俱伤。宇文化及只剩下一万人马，逃往魏郡(今河南省安阳)。李密则率瓦岗军残部去归顺洛阳的皇帝杨侗。行至中途，传来洛阳兵变，杨侗被软禁的消息。李密知道，此时洛阳城中定是王世充把持大权，如果前去投奔，无异于送死。只得返回金镛城，准备稍事整顿再说。但是，王世充闻听李密、宇文化及两败俱伤，暗自高兴。他决定趁李密的瓦岗军需要补充和休整之机，将其消灭。
李密一听王世充率大军来犯，连夜召开军事会议。先是裴仁基提出一条英明之策：将瓦岗军兵分两路，一路在王世充进军的重要通道进行阻截，另一路去攻打兵力空虚的洛阳。但是两军都采取迂回战术，避免与隋军正面冲突，一则可保瓦岗生力军，二则可使王世充疲于奔命。等他顾首不顾尾，全军疲惫之时，瓦岗军再全面出击，一举将其歼灭。不料裴仁基话音刚落，众将便纷纷反对。特别是刚刚投奔瓦岗军的禁军陈智略、樊文超，为了表现一下，吵嚷着要去出战，单雄信等大将也积极请战。李密见众将士气高涨，便也一时冲动，决定亲率瓦岗军，与隋军正面决战。次日，王世充便遭遇瓦岗军的先头部队单雄信。单雄信威武勇猛，与隋军战在一处。李密得到消息，便派秦琼、程咬金率众快速前去支援单雄信。秦琼、程咬金赶到之时，正巧看见瓦岗将领裴行俨被隋军一箭射落马下。二人忙策马过去。秦琼挥舞长槊杀散裴行俨周围的隋军。程咬金刚要翻身下马，抢救裴行俨，一名隋将追来，猛刺一槊。程咬金不慌不忙，躲过长槊，顺手一掠，抓住长槊，稍一用力，那长槊竟断为两截。不等隋将从惊愕中回过神来，早一斧子过去，将那隋将劈为两截。隋军见状，不敢近前，程咬金顺利救回裴行俨。这时，李密率大部队也已赶到。瓦岗大军与王世充带领的隋军霎时又展开一场混战。李密以前和王世充交战，胜多负少，所以没将他放在眼里。俗话说，骄兵必败。又加之李密没有选择正确的战略战术，王世充在这方面又胜他一筹。
两军正杀得难解难分，忽然隋军中传出一声大喊：“李密被抓住了！”瓦岗众兵将心里都吃了一惊，放眼望去。可不是嘛，隋军大旗下，一人被捆在马背之上，不是李密是谁？见此情景，瓦岗军顿时群龙无首，慌乱起来。其实，这是王世充巧施一计，找了一个酷似李密的人捆在马背上。此时他见瓦岗军都信以为真，阵脚大乱，心中大喜，命人放出信号，顷刻之间，隋军伏兵四起，进攻瓦岗军的后阵，并放火烧了李密大营。李密虽未被抓住，但已指挥不灵，只好率残部退到洛口。当时吵嚷着请战出兵的陈智略却俯首投降了。洛口守将是瓦岗军将领邴元真，他早已对李密心怀不满。特别是见他杀了翟让，更是心灰意冷。此刻见李密兵败来到洛口，便秘密与王世充联络，欲里应外合，杀了李密，给翟让报仇。
瓦岗军将领单雄信没有和李密一同去洛口，他对李密杀翟让也深感愤愤不平。所以，当王世充渡过洛水与邴元真里应外合欲置李密于死地之时，他也袖手旁观，不去相救。李密这才后悔当初不该杀了翟让。
瓦岗军两年多时间，发展到十几万人，威震四方，轰轰烈烈，沉重打击了隋朝的统治。但李密一招不慎，满盘皆输。瓦岗军先从内部离心离德，开始瓦解。后北邙山一仗，彻底瓦解。李密还想重振旗鼓，但所剩将士心灰意冷，只好和两万军马一齐去投奔李渊。从此，独立的瓦岗军已不复存在了。
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