1524年夏，士瓦本南部地区首先爆发了农民起义，起义队伍迅速扩展到3000多人，起义农民拒绝向领主缴纳赋税和服劳役。年底，闵采尔来到这里。在这以后，接近闵采尔的起义者，起草了第一个纲领——《书简》，对城乡贫苦的群众遭受僧俗领主和政府的压迫进行了强烈的控诉，并强烈谴责了贵族、僧侣的特权地位，号召用人民的力量，清除封建领主，建立公正的秩序。这个纲领的基本思想是打倒现存的统治阶级，并由普通人掌握政权。
1525年3月初，起义队伍在整个士瓦本地区迅速扩展，组织了6支农军，总数达三四万人。其中，有不少闵采尔的信徒，他们成了起义队伍中的核心和骨干。3月6日至7日，3支农军队伍在门明根实现联合。3月中旬，占据优势的温和派为与敌人谈判，提出了有名的门明根“十二条款”。它主要反映富裕农民的利益，要求废除农奴地位(第三、第十一条)，减轻苛税和徭役(第六、第七条)，归还被领主侵占的公社附属地。“十二条款”尽管带有温和的色彩，仍在农民中间得到广泛的传播，农民按革命精神理解十二条款的具体要求，使它成为反封建斗争的纲领。士瓦本农军尽管人数众多，声势浩大，但内部意见分歧，行动不一，斗争不力，4月底为诸侯军队司令官特鲁赫泽斯的谈判和镇压两手策略所击败。
在法兰克尼亚地区，1525年3月末爆发的农民起义，规模最大，斗争也最激烈。起义农民组成几支农军，达30万人。他们占领了几百个城堡和修道院，惩办了他们痛恨的封建主。但起义队伍成分比较复杂。革命形势的迅速发展，使许多骑士混进起义队伍，有些甚至窃踞了领导地位。这里有许多中小城市，在起义高潮时，大家纷纷投到起义一边，城市贫民积极支持农军，并从城市内部配合斗争。但是市民阶级，特别是希望与贵族结成同盟的分子，企图利用农民运动来达到其本身的目的。1525年4月下旬，反映市民阶级利益的文德尔·希普勒取得了一支农民联军的领导权，并邀请骑士担任联军统帅，进而解除了农民领袖对联军的领导。5月，在海尔布琅城召开农民军的代表会上，希普勒提出了一个纲领，被称为“海尔布琅纲领”，又名“帝国改革纲领”。纲领提出一切政权必须服从帝国皇帝，剥夺僧侣的世俗权力，规定了全帝国的立法和以等级代表为基础选出的法庭；统一度量衡，统一币制，取消商税、过境税、食品税以及其他苛捐杂税，保护商路安全；允许农民赎买封建义务，赎金等于常年租金的20倍。《海尔布琅纲领》规定的一系列有利于市民阶级发展和使帝国集权化的条款，具有一定的进步意义，但在当时却无法实现。1525年5月，特鲁赫泽斯进入法兰克尼亚地区，首先镇压了维尔茨堡的暴动。海尔布琅的城市贵族见风转舵，开始与特鲁赫泽斯谈判，并为诸侯军队打开城门。希普勒逃走。6月，维尔茨堡市民投降官军，特鲁赫泽斯镇压了法兰克尼亚最后一支农民起义军。
在萨克森和图林根地区，由闵采尔直接领导下的农民起义斗争最为英勇坚强。这个地区的采矿业比较发达，除农民外还有许多矿工参加起义。缪尔豪森城是该地区起义活动中心。1525年3月17日，缪尔豪森的平民和矿工推翻了城市贵族的统治，建立了普通人掌权的“永久会议”。闵采尔是这个革命政权的实际负责人。随后，起义浪潮迅速扩展到整个图林根和萨克森地区，声势浩大。诸侯贵族惊慌失措，急忙调兵。4月底，由黑森邦伯爵菲力浦统率一支官军向缪尔豪森发动进攻。闵采尔组织一支8000人的起义军进行抗击。由于起义军缺乏武器和训练，又缺乏作战指挥经验，于5月16日被官军击败。5000多人惨遭杀戮，闵采尔受伤被俘，遭受严刑拷打，英勇不屈，从容就义。5月25日，缪尔豪森城投降，并入萨克森公爵领地。
上述三个地区的农民起义失败后，农民战争基本结束。只有个别地方分散的起义仍在继续，有的甚至坚持到1527年。
由宗教改革所引发的德国农民战争，是德国早期资产阶级革命的组成部分。它的任务是摆脱罗马教廷的剥削和干涉，消灭封建割据，实现国家的统一；主要革命对象是教皇和诸侯；革命的主力是农民和平民，市民则是一定时期内的革命同盟军。农民战争的杰出领袖闵采尔，他的革命理想是先进的，革命意志是坚定的，身处危境，宁死不屈，壮烈牺牲，表现了一个革命者的坚贞气节和崇高品质。
农民战争失败后，农民的处境更加恶化。在战争中数以十万计的农民惨遭杀戮，农民所争得的果实被全部剥夺。封建主变本加厉地压迫和剥削农民，农奴制又在德国死灰复燃，不仅南部的农民，而且北部和东部的自由农民全部降到农奴地位，担负着沉重的徭役和租税。
德国农民战争的事实表明，苦难深重的农民阶级是民主革命的主力军。他们前仆后继，浴血奋战，表现得十分英勇。但是这个阶级由于小生产的局限性和分散性，使他们眼光短浅，组织纪律性差，乡土观念较重，往往在紧要关头畏缩不前，各支义军之间不能协同作战、互相支援，结果被敌人各个击破，最后全局失败。这次农民战争的经验表明，农民阶级是不可能单靠自己的力量取得革命战争胜利的，必须在其他先进阶级领导下，农民才能完成革命战争的历史任务。
16世纪的德国，能够领导农民的资产阶级和无产阶级，都处于萌芽形成的时期，发展不够成熟，不可能担负起革命领导阶级的使命。路德、希普勒和海尔布琅的市民阶级是如此，闵采尔及其革命战友也是如此。恩格斯指出，德国农民战争所以失败，主要是由于最有利害关系的集团即城市市民的不够坚决。农民阶级只有在无产阶级的领导下，结成工农联盟，才能取得彻底胜利和真正解放。
从这次宗教改革和农民战争中惟一获得好处的是封建诸侯集团。他们在群众反对教皇和教会的斗争中，大大加强了自己的政治和经济地位。他们夺取了大部分教会财产，加强了对农民和城市的压榨，牢固地控制了割据地方的封建贵族势力。他们利用路德的宗教思想巩固自己的实力和地位，并最终使路德宗教会成为手中的驯服工具。1530年，帝国议会在奥格斯堡开会，路德派应皇帝指令，向议会提出正式信仰声明。于是在路德指导下，由其信徒梅兰希顿起草，向议会提出路德教的信仰纲要，即有名的《奥格斯堡信纲》。这个声明是由路德在会上亲口宣读的。信纲除绪论外，共28条，重申“因信称义”(即信仰得救)和反对教皇最高权威的著名思想，并规定教徒必须服从当时的国家政权和法律，遵守各项社会制度。天主教会和皇帝反对这项声明，要求路德撤销，路德不服，将声明用德文和拉丁文同时公布，故亦称“奥格斯堡告白”。后来这个声明成为路德教的信仰纲领。这个信纲标志着路德教成为诸侯官方的宗教，诸侯成为本国教会首领。路德教的确立和发展，在各方面都有利于诸侯的集权地位。
德国农民战争虽然失败了，但它沉重地打击了天主教会在德国的势力，从而使天主教会再也不能恢复以前的地位。农民战争显示了农民群众的伟大力量，也给后人留下了宝贵的教训。1856年4月16日，马克思在致恩格斯的信中写道：“德国的全部问题将取决于是否有可能由某种再版的农民战争来支持无产阶级革命。如果那样就太好了……”无产阶级革命只有在农民的支持下才能取得胜利的工农联盟思想，是马克思主义革命理论的一个重要组成部分。
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