然而，这一壮举令自诩为古巴“顶头上司”的资本主义大国美国恼羞成怒。原来，古巴的社会经济改革实行经济独立，没收外国资本。自古以来，美国的垄断资本都控制着古巴的经济命脉。这一下，美国的土地、公司企业、矿山工厂都归于古巴政府，这还了得！于是，1960年美国政府立即宣布：停止进口古巴食糖。他们以为这一招便卡住了卡斯特罗的脖子，可以令他乖乖就范。要知道，古巴要靠食糖的出口换取进口物资和外汇才能发展本国经济，而食糖的出口量中占60%的份额输往美国，美国就是这样控制了古巴的经济轴心。
卡斯特罗毕竟非同等闲之辈，在这关键时刻，他请动了苏联这一“援助之手”，获得了他们的大批食糖订单，解决了燃眉之急，将趾高气扬的美国轻蔑地甩在脑后。苏联早就想扩大自己在西半球的影响，趁此机会，苏联宣布：古巴如遇到威胁，苏联不会坐视不管，如有必要，苏联军队可以用导弹支援古巴。
美国哪肯善罢甘休，暗地里制定了代号为“”的详细计划，内容主要包括颠覆古巴政权、暗杀卡斯特罗、美军全面入侵等等。1961年4月17日凌晨，一支由千余名反卡斯特罗政府的武装古巴人从美国佛罗里达海军基地启航。这批人是美国中央情报局以重金秘密招募来的，经过西点军校一年多的严格军事训练，此行正是奔赴他们自己的祖国去推翻卡斯特罗政权。不料刚一上岸便遭到古巴军队的迎头痛击，被打得溃不成军。向美国呼救，却遭到被遗弃的下场，尽管美国事先曾答应给予强大军队的增援，但事实上这批反政府的古巴人都命丧黄泉了。
卡斯特罗一面对美国一如既往的强硬，一面加紧同苏联交往。赫鲁晓夫等苏联领导人得知美国的颠覆阴谋后，立即应允提供大量军事援助，包括牵一发而动千钧的导弹。在塔斯社的对外宣传上当然只能说仅仅提供给古巴防御性的武器。古巴开始在神不知鬼不觉的情况下建立导弹发射基地。
肯尼迪总统对古巴与苏联的交往心生疑窦，恰巧此时美国中央情报局获悉苏联用货船向古巴运送导弹。立刻，美国的U—2型高空侦察飞机悄悄地在古巴上空盘旋。不久，真相大白，美国人大惊失色，现在的古巴对他们存在着毁灭性的威胁。美国政府高级官员们通宵难眠，由于苏联的插手，他们不得不仔细权衡自己的对策，最终，他们决定对古巴进行封锁，美其名曰“海上隔离”。
立刻，加勒比海的海水沸腾了，整个北美洲笼罩在战争的恐怖气氛下。大批陆军、军需物资和最新的重型武器向基地集结，大型军用运输机、专列频繁往来，核导弹潜艇、轰炸机都各就各位。海面上战列舰、驱逐舰、鱼雷快艇往来如梭，庞大的航空母舰各守一方。古巴导弹危机公开爆发了。
战争一触即发，全世界为之震惊。令人们深为恐惧的是，这次导弹危机很可能引发全球核大战，全人类面临着毁灭的危险。古巴方面，卡斯特罗姿态强硬，号召全国总动员，决意要与美国这个国际海盗抗争到底。中国人民对他表示了极大的同情与支持。美、苏两大国在联合国各执一词，互不相让，双方都加紧战争准备。气氛紧张到了极点，但大家都明白一旦打起来，对谁都不利，只是已经骑虎难下。
关键时刻，苏美在外交场上有了转折。苏联驻美国使馆参赞亚历山大·福明在同一名美国记者的会谈中，试探性地问道：“假如苏联答应撤走导弹并保证不再把进攻性武器运进古巴，美国是否可以放弃对古巴的入侵计划？”，这名资深记者立即向肯尼迪反映了这一信息，肯尼迪抓住机会，顺坡下驴立即答应可以接受。苏联方面也很快表示不再发动战争。
一场迫在眉睫的战争眼看就缓解了。突然又出现了一个波澜。苏联向美国提出一份正式外交文件，要求美国撤走部署在苏联近邻土耳其的导弹，他才肯撤走古巴的导弹。因为，美国的远程导弹数目远远多于苏联，这一心腹大患如何解决，困扰了苏联多年，而古巴导弹危机不失为解决此问题的绝佳时机，苏联人牢牢地把握住了。而美国面对这一苛刻条件，自有对策，他们公开场面表示只要拆除古巴导弹基地，就不入侵古巴，私下里答应愿在危机过后撤走土耳其境内的导弹。
最终，双方都很满意，达成了妥协，古巴在两大国之间被摆布了一番，搁在了一边。
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